Północno-zachodni fragment miasta Rejowiec Fabryczny leży w Pawłowskim Obszarze Chronionego Krajobrazu. To obszar, o powierzchni ok. 50 ha, który obejmuje dolinę bezimiennego cieku wpadającego do Kanału Mokrego (gmina Rejowiec Fabryczny). W mieście występują trzy pomniki przyrody. Dwa głazy narzutowe (granitognejs i granit szary) uznane za pomniki przyrody nieożywionej, usytuowane są na terenie parafii rzymsko-katolickiej. Kolejny - dąb szypułkowy o obwodzie pnia 427 cm, rośnie w parku podworskim ?Stajne-Polesie?. Na terenie miasta, przy ul. Lubelskiej, w niewielkiej odległości od siebie położone są dwa parki podworskie wpisane do rejestru zabytków:
Lasy i zadrzewienia w granicach administracyjnych miasta zajmują 31 ha, tj. 2,1 proc. powierzchni miasta. Dominują drobne laski, rozrzucone na obrzeżach miasta, o młodych sosnowych drzewostanach. Większy fragment lasu świeżego (Nadleśnictwo Krasnystaw) znajduje się w południowej części miasta. Wiek rosnącego tu drzewostanu sosnowego przekracza 40 lat. W bezpośrednim sąsiedztwie miasta występują duże kompleksy leśne (Lasy Pawłowskie, Las Siedliski i Kadzin), które pełnią funkcje turystyczno - rekreacyjne.
Dominującą formą geomorfologiczną w rzeźbie terenu miasta jest rozległy garb kredowy, rozciągający się w północnej i wschodniej części miasta. Jest to ostaniec denudacyjny stanowiący kulminację terenu (maks. wys. 248 m n.p.m.) o dość płaskiej, wyrównanej powierzchni oraz łagodnych zboczach (spadki terenu ok. 5 proc., miejscowo do 10 proc.).
Wokół ostańca rozciąga się wyżyna denudacyjna, położona na wys. 195-210 m n.p.m., która w południowo-zachodniej części miasta łagodnie przechodzi w równinę akumulacji jeziorzyskowo-rzecznej. Najniżej położone tereny w mieście to rozległe obniżenie krasowe o charakterze równiny torfowej, obejmujące południową cześć miasta oraz niewielkie dolinki rzeczne ciągnące się wzdłuż północnej, a częściowo, także południowej granicy miasta. W rzeźbie terenu bardzo wyraźnie zaznaczają się formy antropogeniczne - jest to wyrobisko kopalni margla o powierzchni 108 ha i głębokości ok. 40-50 m, zlokalizowane w zachodniej części miasta. Rzeźba terenu miasta sprzyja rozwojowi zabudowy mieszkaniowej i gospodarczej.
Pod względem geologicznym obszar miasta leży w północno-wschodniej części Niecki Lubelskiej, którą wypełniają utwory jury i kredy. Decydującą rolę w budowie opisywanego terenu odgrywają utwory mastrychtu (kreda górna), wykształcone jako opoki, margle, wapienie i kreda pisząca. Utwory kredowe osiągają tu miąższość od 500-700 m i powszechnie występują na powierzchni terenu. W północnej, południowej i zachodniej części miasta skały kredowe pokryte są utworami czwartorzędowymi o niewielkiej miąższości (od kilku do kilkunastu metrów). Osady czwartorzędowe reprezentowane są głównie przez piaski i żwiry. Lokalnie występują mułki, iły i gliny zwałowe (północna część miasta). Doliny cieków wodnych i obniżenia krasowe wypełniają utwory organiczne - namuły i torfy. Na terenie miasta w przewadze występują grunty korzystne dla budownictwa (grunty nośne).
W północno-zachodniej części miasta występuje udokumentowane złoże margli kredowych, leżące na pograniczu miasta i gminy Rejowiec Fabryczny, zajmujące 271 ha powierzchni (w granicach miasta ok. 114 ha). Złoże margli eksploatowane jest od 1924 r. i stanowi bazę surowcową dla Cementowni REJOWIEC S.A. Złoże margla charakteryzuje się budową prostą, niezaburzoną tektonicznie. Warstwy zalegają prawie poziomo, średnia miąższość dla całego złoża wynosi 42,3m, grubość nadkładu 2,25 m, a głębokość spągu 158 m n.p.m. Rejowiecki margiel o średniej zawartości wapnia ? 10 proc., wg normy obowiązującej w przemyśle cementowym zaliczany jest do surowca niezupełnego ?niskiego?. Dla złoża margla utworzone są dwa obszary górnicze: ?Rejowiec I?, o powierzchni 326 ha, oraz drugi, o powierzchni 369,8 ha, leżące w mieście i gminie Rejowiec Fabryczny.
Struktura użytkowania gruntów zdominowana jest przez użytki rolne, stanowiące 69,3 proc. powierzchni miasta. Duży jest również udział terenów zajętych pod eksploatację surowców, stanowi on 7,5 proc. powierzchni. Gleby na terenie miasta wykształcone zostały ze skał kredowych i utworów plejstoceńskich oraz holoceńskich. Dominują gleby urodzajne - III i IV klasy bonitacyjnej, stanowią one 78 proc. gruntów ornych. Najlepsze gleby tego obszaru, zaliczane do III klasy, występują na dość znacznych powierzchniach w środkowej i wschodniej części miasta. Zajmują one 18,2 proc. gruntów ornych. Są to głównie rędliny o korzystnych warunkach dla produkcji rolnej, przydatne do szerokiego zakresu upraw (łącznie z sadownictwem i warzywnictwem). Gleby mniej urodzajne, zaliczane do IV klasy, stanowią 59 proc. areału gruntów ornych. Zwarte kompleksy tych gleb występują w centralnej i południowej części miasta. Najsłabsze gleby (klasy V i VI) wytworzone z utworów piaszczystych dominują w północno-wschodniej części miasta i zajmują ok. 22 proc. powierzchni gruntów ornych. Użytki zielone w mieście stanowią 11,4 proc. powierzchni użytków rolnych i rozciągają się głównie w południowej części miasta. Są to gleby torfowe, murszowo-mineralne i mułowo-torfowe, zaliczane do IV i V klasy bonitacyjnej.
Obszar miasta Rejowiec Fabryczny położony jest w dorzeczu rzeki Wieprz. W północnej części miasta biegnie lokalny dział wodny. Wody opadowe spływają zatem na północ do niewielkiego cieku (bez nazwy) oraz na południe, gromadząc się na terenie rozległego obniżenia krasowego i strumienia stanowiącego prawobrzeżny dopływ rzeki Rejki. Rzeka Rejka (prawy dopływ Wieprza) przepływa równoleżnikowo na południe od miasta (poza jego granicami). Na terenie miasta występują również drobne zagłębienia bezodpływowe typu krasowego, często wypełnione wodą. Wody podziemne na obszarze miasta znajdują się w osadach czwartorzędowych oraz szczelinowo-warstwowych utworach górnej kredy. Głębokość występowania wody pierwszego poziomu nawiązuje do rzeźby terenu. Tereny położone najniżej (południowa i częściowo północna część miasta), związane z obniżeniami krasowymi i dolinami cieków, charakteryzują się płytkim zaleganiem wód gruntowych, płytszym niż 2 m ppt. W sąsiedztwie tych terenów oraz w obrębie płaskich obszarów poziomu akumulacyjnego, wody gruntowe występują płycej niż 4 m ppt. W rejonie wyżyny denudacyjnej i ostańca kredowego (północna, centralna i wschodnia część miasta) głębokość do pierwszego poziomu wody gruntowej wynosi od 4 do 10 m i głębiej. Wody gruntowe w piaszczysto - żwirowych utworach czwartorzędowych posiadają zwierciadło swobodne, podlegające znacznym wahaniom w okresie rocznym (do 1,5 m). W rejonie płytkiego zalegania gruntów trudno przepuszczalnych (gliny, iły, mułki) mogą występować wody typu ?wierzchówek? pochodzących ze stagnacji wód opadowych. Kredowy poziom wodonośny stanowi podstawowe źródło zaopatrzenia w wodę dla ludności i przemysłu w mieście. Zwierciadło wody tego poziomu występuje na zmiennych głębokościach (5-20 m i głębiej) i ma charakter naporowy.
